Backup Exec позволяет зашифровывать данные. Шифрование позволяет защитить данные от несанкционированного доступа. Для доступа к зашифрованным данным необходим ключ шифрования. Backup Exec поддерживает программное шифрование, а также ряд устройств, обеспечивающих аппаратное шифрование по стандарту T10.

Backup Exec поддерживает два уровня защиты шифрования: 128-разрядный Advanced Encryption Standard (AES) и 256-разрядный AES. 256-разрядное шифрование AES обеспечивает более надежную защиту, так как применяет более длинные ключи, чем 128-разрядное шифрование AES. Однако при использовании 128-разрядного шифрования AES задания резервного копирования выполняются быстрее. При аппаратном шифровании по стандарту T10 применяются 256-разрядные ключи AES.